干扰素治疗过程中主要观察疗效和不良反应两个方面的问题。
1、观察疗效：
    如果疗效差或有严重的、不能耐受的不良反应都应该停药，更换其他抗病毒药物治疗。观察疗效的指标主要有肝功能(ALT和AST)、HBV —DNA和乙肝五项血清学指标；
2、观察不良反应：
    重点观察的不良反应指标包括血象、血糖、甲状腺功能和自身抗体等。如果治疗过程中病人出现不好解释的其他症状或医生发现其他异常，可以随时根据情况调整检测时间或增加检测项目，以免发生严重不良反应。
    所有干扰素用药期间引起的副作用都是可逆的，即停药后可以恢复。常见的副作用是注射数小时后出现类似感冒的症状，如寒战、发热、乏力、头痛、肢体疼痛、关节痛、肌肉痛。恶心、心悸等。多数病人再继续治疗一段时间后会逐渐减轻。如果这些副作用比较严重，可在注射干扰素后２－４小时使用解热镇痛药物脑，也可将注射时间安排在晚上，以减轻症状。
    其它副反应如脱发等，停药后会逐渐恢复正常、暂时不必处理，也不必改变干扰素的治疗方案，以免影响疗效。极少数病人出现外周白细胞和血小板的降低，若降低程度较重则暂时停药，停药后大多可自行恢复，必要时可加用升白细胞药或升血小板药对症处理，恢复正常后可继续使用干扰素。